四、商业秘密被确定为国家秘密后的补偿
企业投入大量人力、物力、财力形成商业秘密，是为了获取相对于竞争对手的竞争优势，因此从维护企业合法利益的立场出发，若其商业秘密被确定为国家秘密，尽管此时权利主体已变为国家，但仍要注意保护该企业自身的经济利益。
实践中，这样的问题也引起很大争议，如甲单位的一项技术成果被认定为国家秘密，按照单一保护原则也就不能再同时以商业秘密进行保护；随后，甲单位的工作人员到乙单位工作，进而在乙单位使用该项国家秘密，而乙单位也是具有军工保密资格的国有企事业单位，那么在这种情况下，能否追究该工作人员泄露国家秘密的责任？如果该工作人员转换工作单位的行为属于个人行为，甚至是从原单位不辞而别或强行离职，那么勉强可以适用保密法中有关扩大国家秘密知悉范围的条文进行责任追究；如果该工作人员转换工作单位的行为是依据上级单位（例如集团公司或者政府机关）的安排，那么就很难追究该工作人员什么责任，这种情况下原单位就会感觉非常不公平。不过，上述这些情况无论如何还是发生在国有单位之间，从本质上讲大家都还是兄弟单位，互相之间容忍度较高。而随着国防科技工业体制改革，民营企业也有权获得军工保密资格而进入国防科技工业领域，若上述工作人员是从国有单位转移到了民营单位并带走了有关国家秘密技术，这种情况下原单位就更加难以接受了。
为此，笔者建议赋予有关国家部委机关裁决国防领域的国家科学技术秘密纠纷的职能。具有保密资格的军工单位之间，军工单位与承担军工科研生产项目的民营单位之间，因国防领域的国家科学技术秘密利益归属、分享发生纠纷的，可提请有关国家部委机关，就该国防领域的国家科学技术秘密的利益归属、分享进行裁决；军工单位对裁决不服的，可依据《行政诉讼法》向人民法院提起诉讼。
五、中央企业商业秘密权利的归属、转让和许可
中央企业都是采取母、子公司模式的特大型国有企业，其在商业秘密权利归属、转让和许可方面存在一些特殊问题值得探讨。
（一）商业秘密应归属于形成该商业秘密的法人单位
实践中，对于商业秘密到底是属于哪一级企事业单位抑或是属于国家这一问题存在模糊认识，部分同志认为商业秘密应属于集团公司或者属于国家，特别是对于整个集团公司具有全局性重大意义的商业秘密。笔者认为，根据现行的《物权法》、《企业国有资产法》和《公司法》等法律法规的立法精神，企事业法人的动产和不动产，由该法人依照法律、法规和企事业章程享有占有、使用、收益和处分的权利，知识产权亦应如此。国家或者集团公司作为出资人对企业法人财产不具有直接的所有权，其对企业享有的是出资人权利，具体体现为资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。因此，商业秘密既不归属于没有法人资格的基层单位，也不归属于国家或集团公司，而是应该归属于具有法人资格的企事业单位。
