《生物序列分析》在结构上大致可以分为四个部分，每个部分所覆盖的问题分别是：二序列联配、多序列联配、系统发育树和RNA结构，具体分为：二序列联配、Markov链与隐马模型、使用HMM的二序列联配、朋于序列家族的列型HMM、多序列联配方法、构造系统发育树和系统发育的概率论方法，《生物序列分析》介绍的列型MM、多序列联配方法、构造系统发育树和系统发育的概率论方法，《生物序列分析》介绍的一些方法将不同的生物信息来源整合到一般的、清晰且可操作的序列分析概率论模型中，有助于研究者深入了解生物序列分析的基础。
